Последњи бегунац

Хашки трибунал оптужио га је 2004. године за злочине против човечности и кршење закона и обичаја ратовања. Оптужен је да је као председник Српске аутономне области Славонија, Барања и западни Срем, и касније као председник Републике Српске Крајине, учествовао у удруженом злочиначком подухвату као саизвршилац током оружаних сукоба у Републици Хрватској.

Међу случајевима ратних злочина који су наведени у оптужници је убиство 264 хрватска ратна заробљеника у новембру 1991. године. Према наводима тужбе Хашког трибунала, хрватски заробљеници су одведени из болнице у Вуковару и стрељани на пољопривредном добру „Овчара”, око пет километара јужно од града. У оптужници је, такође, детаљно описан догађај од 18. октобра 1991. године, када су снаге под Хаџићевом командом, припадници паравојне јединице „Душан Силни” и српских трупа, присилили 50 хрватских заробљеника да уђу у минско поље у околини села Ловас, око 20 километара југозападно од Вуковара. У експлозијама мина и у пуцњави погинуо је 21 заробљеник. Најтежа тачка оптужнице односи се на масакр ратних заробљеника и цивила на „Овчари”, непосредно по паду Вуковара, али му се на терет стављају и масакри у Ловасу (минско поље), Ердуту, Даљу. Осим тога, ту су и протеривања несрпског становништва и слање цивила у логоре на територији Републике Србије, све то по командној одговорности у својству председника владе САО СБЗС, председника РСК и лидера СДС-а за Славонију, поред осталог. Оптужница је на снагу ступила 4. јуна 2004.

Оптужница против Хаџића, у 14 тачака, са потписом Карле дел Понте, тадашње тужитељке Хашког трибунала, предата је заједно са налогом за хапшење у најстрожој тајности српским властима 13. јула 2004. године. Тражено је, под ознаком „строго поверљиво” да оптуженик буде ухапшен у року од 72 часа.

Тадашњи портпарол Већа за ратне злочине Окружног суда у Београду изјавила је 2004. године да до отварања хашке оптужнице нико осим истражног судије није знао да се оптужница односи на Горана Хаџића. Она је навела да је оптужница из Министарства иностраних послова стигла у суд 13. јула, пред крај радног времена, и да је достављена истражном судији 14. јула ујутру.